1861: Ausbruch des amerikanischen Bürgerkriegs. Die Mehrheit der Bevölkerung der Stadt befürwortet die Haltung der Nordstaaten, welche die Sklaverei abschaffen wollen. Herstellung einer direkten telegraphischen Verbindung zwischen San Francisco und dem Osten. Fertigstellung von Fort Point zur Verstärkung der Verteidigungsanlagen der Stadt für den Fall eines Angriffs durch die Südstaaten.
1864:Mark Twain läßt sich in San Francisco nieder, arbeitet als Zeitungsreporter für den »Morning Call« und verfaßt seine ersten Erzählungen und Vignetten über das Leben in der Stadt.
1868: Gründung der Universität von Kalifornien.
1869: Vollendung der ersten Eisenbahnstrecke quer über den Kontinent. In Promontory, Utah, treffen die Central Pacific und die Union Pacific Bahnen schließlich doch noch auf Anordnung der Regierung zusammen, nachdem die Strecken schon rund 300 Meilen aneinander vorbeigebaut worden waren. Für den Bau sind etwa 15.000 Chinesen eingesetzt. Chinatown ist entstanden.
1870: der Golden Gate Park wird angelegt. Die Einwohnerzahl ist auf 150.000 gewachsen.
1873:Andrew S. Hallidie eröffnet in San Francisco in der Cay Street die erste Cable-Cars-Strecke auf rund 100 Metern.
1876:Jack London, künftiger Autor von »Wolfsblut« und »Der Ruf der Wildnis«, kommt in San Francisco zur Welt. Einführung elektrischer Beleuchtung.
1877: in der Stadt, besonders in Chinatown, kommt es zu Krawallen von chinesenfeindlichem Pöbel. Eröffnung des öffentlichen Telefondienstes.
1885: Fertigstellung des ersten Stahlschiffes an der Pazifikküste durch die Union Iron Works.
1900: mit einer Reihe von Einwanderungsgesetzen, den »Exclusion Acts« drosselt die Regierung den Zustrom von Chinesen.
1887:William Randolph Hearst erwirbt den »San Francisco Examiner« und steigert die Auflage binnen kurzem von 5.000 auf 55.000 Exemplare.
1891: Eröffnung der Standforduniversität.
1898: Fertigstellung des Fährengebäudes, das zur Endhalte eines wachsenden Pendlerverkehrs wird.
1899: Aufnahme des Hochschulbetriebs in San Francisco an der California State University.
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